民国16年（1927年），广东省政府把分属连县、连山县、阳山县管辖的瑶区划出，设立连阳化瑶局，辖3个区，由局直接管辖。民国35年（1946）设立连南县，下设区、乡、保、甲。1949年12月8日连南解放。1950年5月成立连南县人民政府后，废除保、甲制，设区、乡、村。1958年建立人民公社实行政社合一。县以下设人民公社、生产大队、生产队。1983年撤销人民公社，实行区、乡（镇）制。1986年撤区建乡（镇），完善基层政权建设，实行乡（镇）、行政村、居民委员会制。1988年改行政村为管理区。1999年撤销管理区改为村民委员会。

　　（一）民国时期

　　民国16年（1927年）以前，连南各瑶排分属连县、连山县、阳山县管辖，其中：连县管辖油岭、行祥（今南岗）、横坑3个大排和金坑等小排；连山县管辖军寮、马箭、火烧排、里八洞、大掌5个大排和香坪、盘石等小排；阳山县管辖白芒、九寨、菜坑、黄连、凤岗山等地的小排、小寨。

　　民国17年（1928年），连阳化瑶局设3个区。一区办事处设三江，辖南岗、油岭、横坑、三排、连水、水井坳、百斤洞、金坑；二区办事处设太保，辖军寮、里八洞、火烧排、大掌、香坪、盘石、上蒂源、社下冲、中炉坑；三区办事处设寨岗圩，辖九寨、白芒、上洞、瑶龙、菜坑、黄连、中心岗、六暗、后洞、新寨、望佳岭、庙坑。

　　民国35年（1946年）连南县设3个区、20个乡、94个保。一区辖6个乡、34个保，计有：三排乡5个保，连水乡5个保，水井坳乡5个保，南岗乡7个保，油岭乡7个保，横坑乡5个保，区办事处设在山溪。二区辖8个乡、32个保，计有军寮乡4个保，大掌乡4个保，火烧排乡5个保，牛路水乡3个保，香坪乡4个保，上蒂源乡4个保，盘石乡3个保、中炉坑乡5个保，区办事处设在木圩。三区辖6个乡、28个保，计有：白芒乡5个保，上洞乡4个保，菜坑乡4个保，九寨乡6个保，望佳岭乡5个保，瑶龙乡4个保，区办事处设在寨岗圩。

　　（二）新中国成立后

　　1950年连南县设3个区、23个行政村。一区辖南岗、三排、油岭、连水、水井坳、横坑6个行政村。二区辖香坪、牛路水、必坑、军寮、火烧排、社下冲、大掌、龙水尾、盘石、金坑10个行政村。三区辖白芒、马头冲、望佳岭、瑶龙、九寨、上洞、菜坑7个行政村。1951年10月从菜坑行政村中划出山联，成立山联行政村。1952年6月，将24个行政村改为24个乡。是年，原属连县的大龙划入连南县金坑乡管辖。

　　1953年连南瑶族自治区下设8个区6个联乡办事处、78个乡及县驻永和办事处。1954年3月，恢复连山县建置后，第五、六、七、八区划归连山县管辖。连南瑶族自治区调整为4个区、1个联乡办事处，38个乡。同年3月，将二区的金坑划出，成立金坑、内田乡，并划入三江联乡办事处管辖。同年8月，撤销三江联乡办事处，设立第五区。当时，一区辖南岗、油岭、三排、连水、水井坳、横坑6个乡，区公所驻南岗。二区辖大掌、龙水、盘石、香坪、牛路水、军寮、必坑、社下、大坪9个乡，区公所驻大掌。三区辖白芒、上洞、瑶龙、九寨、望佳岭、菜坑、山联、马头冲8个乡，区公所驻白芒。四区辖寨岗、金鸡、安田、回龙、社墩、官坑、马安、阳爱、木、石径10个乡，区公所驻寨岗圩。五区辖城西、东和、城和、新和、金坑、内田6个乡，区公所驻城和。

　　1956年开始撤区并乡，实行乡（镇）制。到6月15日止，撤销了四、五两个区和所属的小乡建制。将原属五区的城和、东和、城西、新和乡合并为三江镇，金坑、内田两个小乡由县直接管辖。原四区的寨岗乡和回龙乡合并为寨岗乡，马安、阳爱、官坑乡合并为官坑乡，木、石径乡合并为木乡，金鸡、社墩、安田乡合并为金鸡乡。1957年瑶区撤小乡并大乡，除山联乡（小乡）不变外，其余乡都合并。原一区的南岗、油岭、横坑乡合并为南岗乡，三排、连水、水井坳乡合并为三排乡；原二区的军寮、必坑、牛路水、大坪、大掌乡合并为军寮乡，香坪、社下、龙水、盘石乡合并为香坪乡；原三区的九寨、望佳岭、马头冲、瑶龙乡合并为九寨乡。白芒、上洞、菜坑合并为白芒乡。原县直管的金坑、内田乡合并为金坑乡。合并后，全县共设11个大乡、1个小乡、1个镇。1957年冬，寨岗、官坑、金鸡、木4个乡合并为寨岗乡。1958年1月，寨岗乡改为寨岗镇。1958年9月，三江镇、寨岗镇改为人民公社。

　　1958年冬，与连县、连山、阳山合并后，原连南境域除保留三江、寨岗公社外，将南岗、三排、金坑乡划入三江公社，将白芒、九寨乡和山联小乡划入寨岗公社，军寮、大掌、香坪和盘石乡划入永和公社。原来的乡改为大队。

　　1961年10月恢复连南瑶族自治县建制后，成立南岗、大掌、白芒、九寨、军寮、香坪、寨南、金坑8个公社，保留三江、寨岗公社，全县共有10个人民公社、85个生产大队。1963年3月，南岗公社分设为南岗、三排公社，香坪公社分设为为香坪、盘石公社。有些大队进行合并，调整后，全县共有12个公社、68个生产大队。1964年9月，将县城居民区从三江公社划出，成立三江镇。1974年5月，将九寨公社的瑶龙、马头冲，军寮公社的大竹湾、必坑，香坪公社的六联、黄家冲等6个大队划出，成立涡水公社。原军寮公社的军寮、牛路水大队与大掌公社合并为大坪公社，同时撤销军寮、大掌公社。将南岗公社的百斤洞大队划归九寨公社管辖。1974年至1982年，增设39个生产大队。

　　1983年冬，将原12个公社先后改为区，保留三江镇，原公社辖下的77个生产大队改为乡，实行区乡制。至此，全县共设12个区、1个镇（区级）、1个居委会、77个乡。1984年5月，原寨岗镇所辖的居民委员会改为寨岗镇（乡级）。

　　1986年11月开始撤区建乡镇，原来的乡改为行政村。三江区、三江镇合并为三江镇，原三江区东和分设为东和、六联行政村，新和分设为新塘、新岩行政村；白芒区、九寨区合并为大麦山镇。寨岗区改为寨岗镇，原寨岗镇（乡级）撤销。原寨南区除设寨南乡外，将所属的山联、白庙乡划出分设山联乡，原山联乡改设板坳、六暗、坑尾3个行政村；至翌年4月，全县设9个乡、3个镇、81个行政村、3个居民委员会。1988年8月增设3个行政村：大坪乡的大坪行政村分为大坪、大掌、大道坪3个行政村，大古坳行政村分为大古坳、中站2个行政村。

　　1988年冬，将各行政村改为管理区并设办事处，为乡镇政府的派出机构。对部分村民小组，合并为村民委员会、至此全县共有84个管理区、3个居民委员会（三江镇、寨南镇、大麦山镇各1）、348个村民委员会。

　　1999年，依照《中华人民共和国村民委员会组织法》规定，撤销管理区改设村民委员会，为基层群众性自治组织。

　　1999年，寨南、三排、南岗、大坪、金坑、香坪、涡水等8个乡改为镇。

　　2000年，寨岗镇与寨南镇合并为寨岗镇，三排镇、南岗镇合并为三排镇，三江镇与金坑镇合并为三江镇，同时撤并了14个行政村，至此，全县共7个镇71个行政村（居）。三江镇辖11个行政村（居），寨岗镇辖24个行政村（居），大麦山镇辖9个行政村（居），大坪镇辖5行政村，三排镇辖10个行政村、香坪镇辖6个行政村，涡水镇辖6个行政村。

　　2022年，连南瑶族自治县辖7个镇、69个村委会、2个社区居委会，852个村（居）民小组，525个自然村。

　　行政区域界线勘定：连南瑶族自治县的行政区域界线全长567.69公里。其中：省界（湘粤县）1段，界线全长10.8公里，无界桩；市界（清肇线）1段，界线全长32.2公里；县界3条，界线全长299.73公里，界桩9个（阳山连南线88.4公里，界桩3个；连南连州线74.2公里，界桩4个；连山连南线137.13公里，界桩2个）；县内乡镇界线19条，界线全长224.96公里。县级三交点1个，乡镇级三交点9个。